药师佛心咒的内容尽管很短，但是人们在修持药师佛心咒的时候，倘若能知道药师佛心咒念诵的仪轨是什么，对于药师佛心咒的好处也能有更多的体会，使得自己明白修行的意义。
一、在佛前上香，可以供一点水果之类的供品。供一杯水(矿泉水或者白开水)。
二、南无消灾延寿药师佛(三称三拜)
三、诸佛正法贤圣僧，直至菩提恒皈依，以我所修胜功德，为利众生成佛道。愿诸众生具乐
及乐因，愿诸众生离苦及苦因，愿诸众生具无苦之乐，愿诸众生无贪嗔平等(三遍)。
四、
Na mo po qie fa di ,bi sha she ,ju lu,
南 无 薄 伽 伐 帝，鞞 杀 社， 窭 噜，
bi liu li, bo lai po, he la she ye ,tan tuo
薜 琉 璃，钵 喇 婆，喝 啰 阇 也，怛 他
jie duo ye, a la he di,san miao san bo tuo ye,
揭 多 耶，阿啰 诃 谛，三 藐 三 勃 陀 耶
tan zhi tuo, om, bi sha shi ,bi sha shi ,
怛 侄 他, 唵，鞞 杀 逝， 鞞 杀 逝，
bi sha she, san mo jie di ,suo ha
鞞 杀 社， 三 没 揭 谛，梭 哈。
也可以念诵心咒
得雅他 嗡 贝堪则 贝堪则 玛哈贝堪则 惹杂萨目 嘎喋 梭哈
(108遍，跪念或者盘腿打坐念都行，念诵的时候能够观想药师佛在头顶放光加持病人，加持供佛的那杯水)。
五、心经一遍。
六、愿消三障诸烦恼，愿得智慧真明了，普愿罪障悉消除，世世常行菩萨道(一遍)。
七、以此持咒功德，特别回向信士×××罪障消除，身体康泰，恶疾痊愈，恶运转好，事业顺利，家庭和睦，消灾免难，吉祥如意。(在一条回向文可以根据情况适当变动)。
八、回向之后可以将供在佛前的那杯水给病人(或者斋主)喝，也可以泡茶和煮稀饭给他吃。
